Впервые упоминается как деревня Кондопога в 1563. В середине 18 в. близ Кондопоги, в деревне Тивдия, были открыты залежи т.н. тивдийского мрамора (всего свыше 30 разновидностей), который использовался при отделке зданий Санкт-Петербурга.
На сегодняшний день население города составляет 36,7 тысяч человек.
По наиболее реалистичной этимологии первая часть названия кондо из карельского kondii "медведь" и пога из карельского pohja "дальний угол, конец залива, бухта", т.е. название в целом осмысливается как "медвежий угол".
В 1923 в Кондопоге начато строительство ГЭС и бумажной фабрики.
Город с 1938 г., образован из ряда небольших деревень.
Кондопога — один из крупнейших промышленных центров Карелии.
ПО "Кондопога" (производит около 1/3 российской газетной бумаги), "Деревообрабатывающий завод" (продукция лесопиления, мебель и др.), "Карельский камень" (облицовочные изделия из гранита и мрамора), "Завод камнелитных изделий и минерального сырья", "Шунгузитовый завод". Комбинат лесопродуктов, лесопромышленное хозяйство (лесозаготовки).